El Colegio San Francisco, inspirado en los principios y valores católicos,  con fundamento en la espiritualidad Franciscana, forma y educa hombres y mujeres de PAZ Y BIEN, para que sean constructores de una sociedad más justa y humana, a través de la evangelización, comprometida con el respeto y la protección del medio ambiente, la formación académica y la asimilación del conocimiento, que susciten la reflexión crítica de la realidad y promuevan las capacidades de cada persona, siendo líderes, emprendedores y gestores de la transformación de la sociedad.

Como comunidad académica y formadora, el Colegio San Francisco, al 2020 es reconocido por su propuesta y su formación humana y cristiana, proyectándose como colegio líder en innovación pedagógica, alto nivel en una segunda lengua extranjera, formación científica con sentido social-ecológico, que aporte a la construcción de una nación fraterna, acorde con los requerimientos de transformación y visión moderna del desarrollo.