El Colegio San Francisco es una institución orientada y regida por religiosos de la Provincia Franciscana de la Santa Fe de Colombia que cumplen con una misión: propender por la formación integral, intelectual, moral, social y religiosa de quienes pertenecen a la comunidad que se acoge a Dios Todopoderoso y que tiene como patrón excelso a San Francisco de Asís. Con formación axiológico cristiana, y experiencia académica con suficiente rigor científico, centra la labor educativa en un comportamiento social de respeto y admiración por los demás, dentro de parámetros de libertad, justicia, igualdad, fraternidad, democracia, compromiso, trabajo, participación, sencillez, autonomía y servicio a la iglesia y al conocimiento de Dios para responder con optimismo humano a lo que el mundo de hoy está pidiendo: formar al hombre de cara a Cristo, y de esta forma todos los valores encuentren su plena realización teniendo en cuenta las relaciones con los otros, con la comunidad, con la naturaleza, con las cosas, con la historia y con Dios, como expresión de alegría vivida, compartida y comunicada.
La filosofía franciscana es la vida del hombre que trata de comprender el universo inmediato, la vida humana y todos sus componentes.